在这次战争中，帝国东北方的草原部落被打击的体无完肤，天雄军甚至一度攻入草原内五百公里，杀的草原战士尸横遍野，将部落王族全部诛杀殆尽，最后东北部草原部落投降。而神圣教廷则在战后趁着天阳帝国恢复元气的时候，拿出了一副悲天悯人的姿态，从圣心岛向帝国南方的圣光行省和天南行省进行大规模的渗透，并派出了属于神圣教廷最后的力量的圣心骑士团进驻圣光行省，并且勾结当地的士绅豪族自己的势力将所有忠于帝国的官员排挤在。
在五年后也就是帝国历488年秋季，在神圣教廷扶持下，一个傀儡公国-伊西斯公国。
伊西斯公国成立后宣布原天阳帝国的圣心行省以及天南行省是公国的领土，原圣心行省的圣光城为新的公国帝都。
而此时战后的帝国又一次因为高层的错误决定，没有讨伐新成立的伊西斯公国，让其有了打实基础和发展的时间。自此以后，神圣教廷与天阳帝国的较量方式由暗地里的较量改为明面上的较量。
时间来到帝国历498年，也就是第二次剿匪战争结束后的第十年，帝国的北方经历了有史以来的最大规模的旱灾，连续三年大旱灾导致帝国北方十几个行省三年颗粒无收，所有北方军民的粮食都要靠南方供给，直到帝国502年才结束。
帝国历501年十月，先是输了第二次剿匪战争然后又赶上帝国北方大旱灾的帝国第九位皇帝唐功成在心力交瘁之下一病不起，于帝国历501年十一月驾崩，太子唐怀农继位。
而神圣教廷这边经过了十来年的平稳发展，军事实力已经有所恢复，加上伊西斯公国联合圣心行省和天南行省的贵族也征集了十万精兵，趁着帝国北方大旱而且老皇帝驾崩之际于帝国历502年五月再次向天阳帝国用兵，企图扩张领土。
此次伊西斯公国兵分两路向天阳帝国平原行省和九川行省发起了进攻。
天阳帝国被迫应战在这次战争中，天阳帝国派出了刚刚恢复一点元气的只有不到五千士兵第六军团以及天烈军七万骑兵和天威军三万步兵，总计十万零五千人迎战伊西斯公国，统兵的将军正是亲王唐怀宇。
在这次战争之中。伊西斯公国派出了举国之力十万大军以及神圣教廷在一次派出了之前一直不曾出战过的圣心骑士团来对付帝国第六军团，战争持续了整整半年，双方于帝国历502年十一月份停战，双方都损失重大，结果不分胜负。
帝国第六军团这支由天阳帝国开国太祖唐天阳一手建立的军团，跟随唐天阳南征北战的无敌军团于此战之中全军覆没。第六军团的覆没也标志着帝国由此从盛转衰，曾经威名赫赫，风光一时的天阳帝国逐渐走向了黄昏。
而在此战之后，伊西斯公国在一次蜷缩回了南方的圣心行省和天南行省。
而自小就和唐怀农兄弟情深的唐怀宇因为在此次战争中表现卓越，被怀农大帝册封为帝国秦国公，世袭罔替，节制帝国西部七省，苦练兵马，发展农业，为帝国守好西部国土；而怀农大帝自己则将主要的精力放在了经过两次战争的帝国南部。
经过此次战争之后，伊西斯公国与天阳帝国都无力再次发起大规模的战争，但是在之后的一百多年内但是小规模的战斗确实年年都有，双方都胜负各半。
这种情况一直维持到帝国历635年，帝国635年10月天阳帝国第十六任皇帝也就是唐星辰的爷爷，唐擎天和唐擎云的皇帝老爹-唐岳峰，在兵部尚书赵津元帅的支持登基继承皇位。
唐岳峰在位35年，他被称为帝国历史上最昏庸的皇帝。在他统治的三十五年中，天阳帝国与伊西斯公国的战争之中节节败退。
伊西斯公国在这三十五年中占领了帝国南方十三个行省加上之前就占领了圣光行省和开南行省，总计十五个行省落入伊西斯公国手。
同时帝国西方世袭继承秦国公爵位节制帝国西方七省的当代秦国公唐季也开始排斥帝国的统治，天阳帝国于帝国历640年彻底失去了对西方七行省的统治权。
福无双至，祸不单行。这句话很完美地用唐岳峰这位昏庸皇帝身上。岳峰大帝在帝国历635年继位之初，封对帮助自己登基帝国元帅赵津为帝国齐国公，世袭罔替。
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